Hasil dari pertemuan nasional pertama GWL-INA pada bulan Februari 2009, ditetapkan bahwa pemegang keputusan tertinggi adalah pertemuan nasional anggota jaringan GWL-INA. Pertemuan ini akan memilih Dewan Pengurus dimana dewan pengurus nasional terdiri dari 12 orang yang komposisinya adalah 2 orang perwakilan tiap-tiap wilayah, yaitu perwakilan dari wilayah Sumatera, Kalimantan, Jawa, Bali Nusa Tenggara dan Sulawesi Indonesia Timur (satu orang waria dan satu orang gay) serta perwakilan gay dan waria yang positif HIV.
Dewan pengurus juga akan menunjuk penanggungjawab pelaksana harian (koordinator sekretariat nasional) yang akan bertanggung jawab dalam menjalankan kesekretariatan sekaligus menjadi koordinator seluruh kegiatan dan komunikasi antar anggota jaringan. Selanjutnya staff sekretariat nasional akan direkrut dengan mekanisme yang telah disetujui bersama oleh dewan pengurus. Sekretariat nasional akan menjalankan tugasnya selama 3 tahun seperti halnya dewan pengurus. Sekretariat nasional bertanggungjawab penuh kepada dewan pengurus yang merupakan perwakilan dari anggota jaringan.
Peserta pertemuan nasional juga telah menunjuk dewan penasihat yang kedudukannya akan berada diatas dewan pengurus dan memiliki kewenangan untuk memberikan masukan-masukan kepada dewan pengurus baik diminta taupun tidak.
